WEBとは，お互いにリンクが有機結合して初めて機能するものです．たとえばその機能を利用したもの（でもあり，利用するためのものでもある）が検索エンジンです．また，WEBである以上，そこにアップロード(公開)された情報は，誰もがアクセスできます（というかそういうために作られた仕組みがWEBです）．で，公開されている以上，どこにリンクを張ろうが，リンクを張った人の勝手です．リンクをはられるのがいやならば，決まった相手以外からの参照は受け付けないようにサーバの設定で制御すればいいのです（いわゆる「直リン禁止設定」）．
また，法律的にいえば，リンクをはることは，「引用」に当たります（この概念も時代遅れだと思うけど）．「引用」というのは，引用先を明記すれば誰でも，いつなんどきでもやっていいことになっていますから，WEBリンクはすべてフリー，ということになります．もっとも，相手先のサイトのコンテンツを自分のサイトの一部と錯覚させるようなやり方は駄目ですが．
とはいえ，サイト管理者からすれば，「トップページから見てほしい」という人も多いと思います（私もそう思っています）．ですので，他者が開設しているのサイトへの「阪急京都線車両館」からのリンクは一部の例外（Wikipedia等）を除いて，トップページに張っています．
で，問題は「このサイトはリンクフリーではありません」などと書かれているサイトへのリンクの扱いですが，上記の通り，WEBの性質上，「リンクを張って（張られて）何ぼ」の世界ですから，気にせず（なるべく相手のトップページに向かって）張ります．問題があれば連絡してくれば良いですし，無許可リンクがいやならサーバの設定を「許可先以外からのトラフィックは排除」にすればいいのですから．まぁ，だいたいそういうサイトの管理者がGoogleやYahooなどの検索サイト（検索エンジン）に個別に「リンク許可」というようなお墨付きを与えているとは考えにくいわけで，その時点で「無断リンクお断り」はなんの実効性もないことになります．つまりサイト管理者自ら「リンクはご自由に」といっているようなものだ，と私は解釈します．